第一级：免做安全鉴定的菌种

1）根瘤菌类

Mesorhizobium huakuii

华癸根瘤菌（紫云英）

M. loti

百脉根根瘤菌

Rhizobium etli

埃特里根瘤菌（菜豆）

R. leguminosarum biovar viceae

豌豆根瘤菌（蚕豆生物型）

R. leguminosarum biovar phaseoli

豌豆根瘤菌（菜豆生物型）

R. leguminosarum biovar trifolii

豌豆根瘤菌（三叶草生物型）

Sinorhizobium

S. fredii

费氏中华根瘤菌（快生大豆根瘤菌）

S. meliloti

苜蓿中华根瘤菌

Bradyrhizobium

B. elkanii

埃氏慢生根瘤菌（慢生大豆根瘤菌）

B. japonicum

日本慢生根瘤菌（慢生大豆根瘤菌）

B. liaoningense

辽宁慢生根瘤菌（慢生大豆根瘤菌）

Azorhizobium

A. caulinodans

茎瘤固氮根瘤菌（田菁茎瘤菌）

还包括尚未确定种名的，从一些豆科植物根瘤内分离、纯化、鉴定、回接、筛选后在原宿主植物结瘤、固氮良好的根瘤菌，如花生、绿豆、沙打旺根瘤菌等。

2）自生及联合固氮微生物类

Azotobacter

A. chroococcum

褐球（圆褐）固氮菌

A. vinelandii

棕色固氮菌

A. paspali

雀稗固氮菌

Beijerinckia indica

印度贝氏固氮菌

Azospirillum

A. lipoferum

生脂固氮螺菌

A. brasilense

巴西固氮螺菌

3）光合细菌类

Rhodopseudomonas

Rps. Globiformis

球形红假单胞菌

Rps. Rutila

血色红假单胞菌（沼泽红假单胞菌）

Rps. Sulfidophila

嗜硫红假单胞菌

Rps. Viridis

绿色红假单胞菌

Rhodospirillum

Rp. Fulvum

黄褐红螺菌

Rp. Rubrum

深红红螺菌

Rp. Salinarium

盐场红螺菌

Rhodobacter capsulatus

荚膜红细菌

Rubrivivax gelatinosus

胶状红长命菌（胶状红环菌）

4）分解磷钾化合物细菌类

Bacillus megaterium

巨大芽胞杆菌

B. mucilaginosus

胶质芽胞杆菌

Thiobacillus thiooxidans

氧化硫硫杆菌

5）促生细菌类

Paenibacillus azotofixans

固氮类芽胞杆菌

P. polymyxa

多粘类芽胞杆菌

6）酵母类

Candida tropicalis

热带假丝酵母

C. utilis

产朊假丝酵母

Geotrichum candidum

白地霉

Saccharomyces cerevisiae

酿酒酵母

Sporotrichum thermophile

嗜热侧孢霉

7）放线菌类

Streptomyces jingyangesis

泾阳链霉菌（细黄链霉菌5406）

Frankia sp

固氮放线菌（弗兰氏克菌）

8）AM真菌类

Glomus mosseae

摩西球囊霉

9）其它

Lactobacillus sp.

乳杆菌

Streptococcus lactis acidi

乳酸链球菌

第二级：做急性毒性鉴定的菌种

Bacillus

B. licheniformis

地衣芽胞杆菌

B. pumilus

短小芽胞杆菌

B. brevis

短芽胞杆菌

B. coagulans

凝结芽胞杆菌

B. circulans

环状芽胞杆菌

B. subtilis

枯草芽胞杆菌

B. sphaericus

球形芽胞杆菌

Alcaligenes faecalis

粪产碱菌

Pseudomonas fluorescens

荧光假单胞菌

Aspergillus niger

黑曲霉

Aspergillus oryzae

米曲霉

第三级：做非病原微生物鉴定的菌种

B. cereus

蜡状芽胞杆菌

Klebsiella pneumoniae

肺炎克鲁伯氏菌

K. oxytoca

产酸克鲁伯氏菌

Enterobacter cloacae

阴沟肠杆菌

E. agglomerans

成团肠杆菌

E. gergoviae

日勾维肠杆菌

Pseudomonas aeruginosa

铜绿假单胞菌

Acinetobacter calcoaceticus

乙酸钙不动杆菌

A. baumannii

鲍氏不动杆菌

Alcaligenes xylosoxydans

木糖氧化产碱菌

Proteus

变形菌属

Proteus vulgaris

普通变形菌

Proteus mirabilis

奇异变形菌

Erwinia sp.

欧文氏菌