采用这种模式，节能服务公司和客户洽谈的时候，会根据工程总体造价、节能收益以及分期付款的利率等因素，谈定分期付款额期数和额度，并约定开具发票的种类和金额。一般开具发票的种类为设备费（含增值税）、建安工程费（含增值税）、技术服务费（营业税）等。对于设备费、王程费，节能服务公司在考虑成本的基础上，合理上浮后把增值税发票开给客户，客户可以计提折旧，或进行增值税抵扣；节能服务公司根据差额缴纳增值税（节能服务公司为增值税一般纳税人）。对于技术服务费部分，节能服务公司需要缴纳营业税。节能服务期限内的设施运营可以由节能服务公司进行，也可以由客户进行。
 
　　这种模式，同工程总承包模式基本类似，客户可对固定资产计提折旧，也便于客户对固定资产的管理。比较大型的客户更偏向于采用这种方式。这种模式同工程总承包模式的主要差别是，要将节能收益考虑到分期付款的总额度中。
 
　　3.2  BOT模式
 
　　采用BOT（Build-Operate-Transfer，即建设运营移交）模式实施合同能源管理项目，同一般的BOT项目运作模式基本相同。即由节能服务公司来投资建设运营合同能源管理项目，通常和客户商定，按某一能源产品（如电、蒸汽、热水等）的数量来计算节能效益，双方约定分享比例，落实交易价格，在一定合同期限内，客户向节能服务公司支付节能收益。合同执行完毕，向客户移交。
 
　　一般客户对节能服务公司供应的余热（余压、余气等）资源是免费的，按税务制度规定，节能服务公司销售给用户的产品应缴纳增值税。这也要求节能服务公司具备增值税一般纳税人资格。同时，这部分增值税作为客户的增值税进项税额，客户可以在缴纳增值税时抵扣，因此，增值税并没有额外增加客户负担。对于节能服务公司，由于国家规定新购进固定资产（设备等）时缴纳的增值税作为进项税额可以抵扣，因此，一般在合同能源管理项目运行的前两年左右，节能服务公司不用缴纳增值税。抵扣完毕后，开始缴纳增值税。
 
　　现在国家对于部分资源综合利用的产品规定可以享受增值税减免政策，符合条件的合同能源管理项目可以享受这一政策。
 
　　另外，项目的合同期间，合同能源管理项目资产属于节能服务公司，固定资产折旧在节能服务公司发生。对于客户来讲，相当于“厂中厂”，即企业区域内有一块由其他公司控制的资产。尽管如此，由于合同能源管理项目是依附于客户这个被服务对象而存在的，实质上客户对“厂中厂”还是有相当大的影响力。